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解析建設罕見病數據庫的探索與實踐

來源:網絡

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所屬頻道:新聞中心

關鍵詞: 罕見病,數據庫

    罕見病,亦稱“孤兒病”,是臨床上較難診斷的低發疾病。目前國內尚未有明確的罕見病定義。

    我國現已有罕見病相關支持政策,但相關系統性研究卻很少。由于罕見病的低發病率特點,臨床工作者缺乏必要的經驗以致診療過程盲目;患者常須經多次排查才能確診,加重經濟負擔?,F有權威罕見病數據庫主要側重于單病種介紹,缺乏基于臨床工作者思維方式由淺入深地介紹疾??;沒有將罕見病的科研成果與臨床實踐互通的轉化醫學內涵。因此,現亟需建設適用的罕見病數據庫,以解決罕見病診治難題。

    上海交通大學學報(醫學版)作為國家級核心期刊,具備學術資源和專家資源的優勢。因此,本次研究將以上海交通大學學報(醫學版)作為基礎平臺,開發建設罕見病數據庫(一期),旨在為臨床工作者提供罕見病診治技術參考,提高診療效果以服務患者。

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    1   內容與方法

    1.1 罕見病元數據結構制定 回顧罕見病相關權威文獻及臨床專業書籍,提取罕見病介紹目錄字段;基于臨床工作者常規思維、由淺入深的疾病介紹邏輯,通過專家會議咨詢上海交通大學醫學院10-15名罕見病專家,整合或刪除相同字段并排序;確定罕見病介紹內涵,逐步優化介紹字段準確性與邏輯性,形成罕見病元數據結構與信息結構表(見圖1)。

    解析建設罕見病數據庫的探索與實踐

    圖1 罕見病元數據結構制定邏輯

    1.2 罕見病種遴選原則確定 

    結合我國罕見病發病現狀、上海市交通大學學報(醫學版)優勢,通過上海市交通大學醫學院附屬醫院院士、教授及相關醫學專家的多番研討,確定罕見病種遴選原則:國內發病率較高(超過1/10萬),即不低于國際標準;上海交通大學學報曾有過3次以上的學術報道或上海交通大學醫學院系統具備診療資源優勢。

    1.3 罕見病數據采集

    1.3.1 數據來源 權威罕見病數據庫網站:美國NIH罕見病數據庫、中國罕見病數據庫、臺灣罕見病數據庫 ;權威期刊文獻數據庫:中國知網、PubMed、上海交通大學學報等。

    1.3.2 篩選路徑 基于遴選原則與數據來源,篩選出國內發病率超過1/10萬的罕見病112種,其中上海交通大學學報(醫學版)曾有報道的計31種,上海交通大學醫學院系統具備診療優勢的計8種(見圖2)。

    解析建設罕見病數據庫的探索與實踐

    圖2 罕見病種篩選路徑

    1.3.3 數據采集 由培訓合格的上海交通大學醫學院臨床八年制或公共衛生專業學生作為數據采集員,使用1.1開發的信息結構表進行罕見病相關文獻檢索與數據錄入,建立《罕見病數據庫》。

    1.4 信息化建設

    1.4.1 開發工具 采用Linux和apache Web建設網站架構,采用Java和my SQL進行網站開發與數據庫建設。

    1.4.2 網站設計 網站前端設置三級板塊,逐級呈現相關內容;網站后臺設置五個信息模塊,并設置輸入輸出端口用于信息交接;建立《罕見病數據庫》模塊映射E-R圖(見圖3)。

    1.4.3 網站維護 基于1.4.1和1.4.2進行信息化開發,形成《罕見病數據庫》網站,并定期維護。

    解析建設罕見病數據庫的探索與實踐

    圖3 罕見病數據庫信息化設計架構

    2    結果

    2.1  《罕見病數據庫》基本內涵

    2.1.1 罕見病基本數據庫 包括罕見病名稱、發病機制、臨床表現、流行病學特征(年齡分布、性別分布、地區分布)、診斷與治療信息。目前已完成收集87種信息完整的罕見病,其中已明確為遺傳病的有66種(75.86%),48.44%的罕見病好發于兒童期,51.79%為男性高發。罕見病診斷主要依靠基因檢測/基因診斷。

    2.1.2 罕見病學術報道數據庫 包括作者信息、作者所在單位、文章摘要、全文鏈接及對應的罕見病。已收集的461篇罕見病相關學術報道中,共涉及84種罕見病,報道篇數較多的是骨髓增生異常綜合征。

    2.1.3 罕見病臨床科研試驗數據庫 包括試驗名稱、試驗注冊單位、注冊的臨床試驗中心平臺、試驗內容簡介、臨床試驗注冊的數據庫鏈接及對應的罕見病。數據庫囊括了145項罕見病臨床科研試驗,涉及的罕見病64種,有34種罕見病其試驗項目數為3項。

    2.1.4 罕見病專家庫 包括專家姓名、性別、工作單位、科室、職位職稱、專家個人簡介及擅長的罕見病。數據庫共收集有166位罕見病專家,涉及78種罕見病,有5位專家擅長多種罕見病,有2位專家擅長5種罕見病。

    2.2 《罕見病數據庫》網站簡介 《罕見病數據庫》網站,即“上海交通大學學報(醫學版)罕見病數據庫”,包括7個欄目:前沿資訊、罕見病百科、臨床科研試驗、學術報道、附屬醫院、公益活動和關于我們。

    2.3 與國內外常見罕見病數據庫比對 《罕見病數據庫》與國內外權威罕見病數據庫比對結果如表1所示。

    解析建設罕見病數據庫的探索與實踐

    表1 國內外常見罕見病數據庫比對

    3    討論

    3.1 《罕見病數據庫》體現轉化醫學核心內涵 轉化醫學的目的在于打破基礎醫學與臨床醫學的學術屏障,建立直接關聯。本次研究所建設的《罕見病數據庫》,不僅包含有罕見病的基礎知識,也增添有罕見病相關臨床科研試驗、學術報道、臨床專家等信息,并通過網站的形式便于查閱與及時反饋?!逗币姴祿臁吩诜奖闩R床工作者查閱罕見病前沿基礎研究和最新診療方法的同時,也為基礎科研人員提供罕見病的臨床實踐現狀及潛在問題。不僅體現了轉化醫學的核心內核,也展現了科研價值。

    3.2 罕見病數據庫建設的創新與發展 本次研究共遴選出112種罕見病,而在數據收集過程中可知,當前具備完整信息的罕見病僅87種。因此,當前仍有25種罕見病并沒有引起足夠的重視,提示科研人員或專家在此方面仍有很多工作有待進行。與國內外權威罕見病數據庫的比對可知,《罕見病數據庫》為臨床工作者提供前沿科研成果,并及時應用于實踐;為罕見病患者提供專家信息,適當減輕患者經濟負擔。

    《罕見病數據庫》作為整個項目建設的一期,囊括了87種包含完整數據的罕見病,體現了罕見病的臨床價值與學術價值的同時,也為后續的二期乃至三期的研究工作提供堅實數據基礎與平臺框架。隨著項目的不斷發展與完善,《罕見病數據庫》更顯競爭力和學術先進性,也為中國罕見病的綜合平臺構建提供基礎參考。

    3.3 研究的不足 本研究目前尚處于平臺建設一期,在不斷完善與推廣過程中,仍存在著困難與挑戰。首先,本次研究作為國內罕見病探索性研究,可借鑒的經驗并不多,其在開發過程中難免存在經驗不足;國內多個罕見病研究機構目前尚未有效地聯合參與罕見病防治工作,缺乏政府強有力的政策支持與平臺運作;當前國內發病率超過1/10萬的罕見病有112種,但可獲得完整數據的僅87種,說明當前工作仍需加強。

    因此本次研究將繼續推進平臺建設開發,并吸納更多的罕見病研究機構共同參與,呼吁政府出臺相關罕見病防治政策,以完善平臺建設,展現轉化醫學內涵建設和科研價值。

    (審核編輯: 林靜)

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